Vou passar uma solução que fiz ok:
Primeiramente, no seu DataGrid, precisa ter um 'Button Column' - 'Delete'.
Agora, vamos criar o JavaScript dentro da nossa página aspx, como na figura:
Após isso, abra o 'Design' do formulário, clique no seu DataGrid, e ative o evento ItemDataBound. Dentro da procedure que foi criada, faça isso:
e.Item.Cells[8].Attributes.Add('onClick', 'return ConfirmaExclusao();');
O número '8' indica qual a célula que o 'Button Column' - 'Delete' está.
Pronto, só rodar e ver o resultado, quando clicar para excluir,
aparecerá a seguinte janela:


